主管機關應會商都市計畫、地政等有關機關，得於具都市發展潛力地區之路線、場站、交流道、服務區、轉運區、港埠及其設施、觀光遊憩設施、橋樑及隧道與其毗鄰地區劃定範圍，報經行政院核定後，先行依法辦理區段徵收，並於區段徵收公告期滿後一年內，發布實施都市計畫進行開發，不受都市計畫法第五十二條之限制。 依前項規定劃定為區段徵收範圍內土地，經規劃整理後，除依下列規定方式處理外，…
…法第二十五條、國有財產法第二十八條限制。 第一項開發、處理及被徵收土地所有權人領回開發土地、建築物之折算計價基準辦法及其施行日期，由交通部會同經濟部、內政部、財政部、直轄市政府等有關機關擬訂，報請行政院核定之。
民間機構興建本條例所獎勵之交通建設，需穿越公、私有土地之上空或地下，應與該土地管理機關或所有權人就其需用之空間範圍協議取得地上權。其屬公有土地而協議不成時，得由民間機構報請主管機關核轉行政院核定，不受土地法第二十五條之限制；其屬私有土地而協議不成時，準用徵收規定取得地上權後，租與民間機構使用，其租金優惠準用第十條之規定。 前項土地因交通建設路線之穿越，致不能為相當使用時，土地所有權…
本條例所獎勵之民間機構於市區道路、公路、鐵路、其他交通系統或公共設施之上、下興建交通建設時，應預先向各該管主管機關申請許可，如需共架、共構興建時，主管機關應協助民間機構獲得各該主管機關同意後，始得辦理。申請許可未獲同意或協調不成時，應敘明理由報請主管機關層轉行政院核定後辦理。
本條例所獎勵之交通建設，經甄審委員會評定其建設投資依本條例其他獎勵仍未具完全之自償能力者，得就其非自償部分由政府補貼其所需貸款利息或投資其建設之一部。 前項補貼利息或投資建設辦法，由交通部會同財政部擬訂，報請行政院核定之。 第一項補貼利息及投資建設，由主管機關編列預算為之。
本條例所獎勵之民間機構，經主管機關核准營運並辦理股票公開發行後，不論其股票是否上市，均得發行公司債。 前項公司債發行審核辦法由交通部會同經濟部及財政部擬訂，報請行政院核定之。
本條例所獎勵之民間機構，得自各該交通建設開始營運後有課稅所得之年度起，最長以五年為限，免納營利事業所得稅。 適用前項獎勵之民間機構，得自各該交通建設開始營運後有課稅所得之年度起，四年內自行選定延遲開始免稅之期間；其延遲期間最長不得超過三年，延遲後免稅期間之始日，應為一會計年度之首日。 第一項實際適用免稅之範圍及年限，由財政部會商交通部擬訂，報請行政院核定之。
…抵減當年度應納營利事業所得稅額；當年度不足抵減時，得在以後四年度內抵減之： 一、投資於興建、營運設備或技術。 二、購置防治污染設備或技術。 三、投資於研究與發展、人才培訓之支出。 四、其他經行政院核定之投資支出。 前項投資抵減，其每一年度得抵減總額，以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額百分之五十為限。但最後年度抵減金額，不在此限。 第一項各款投資抵減之適用範圍、施行期限及抵減率，由…
本條例所獎勵之民間機構在興建或營運期間，供其直接使用之不動產應課徵之地價稅、房屋稅及取得時應課徵之契稅，得予適當減免。 前項減免之標準，由財政部會商交通部擬訂，報請行政院核定之。
本條例施行細則，由交通部擬訂，報請行政院核定之。
本法之主管機關為交通部。 國營鐵路，由主管機關管理。地方營、民營及專用鐵路，由主管機關監督。 本法有關鐵路之監督管理等相關業務，由交通部鐵道局辦理；鐵道局之工程，由主管機關辦理行政監理。
全國鐵路網計畫，由交通部擬訂，報請行政院核定公告，分期實施；變更時亦同。 依前項核定全國鐵路網計畫中之鐵路線未能興工時，地方政府或國民得申請交通部核准建築經營之。
…應辦理有償撥用或租用，並須考量其公益性。 國營鐵路機構報經主管機關核准，得辦理其經管之國有不動產開發、處分或收益，不受國有財產法第二十八條規定之限制，前開處分屬出售或設定一定年期地上權者，應先報經行政院核定。 前項開發方式、規劃、程序、審議、經營、監督管理、處分、收益及其他相關事項之辦法，由主管機關定之。 第二項不動產屬國營鐵路機構之資產者，其收入得由該機構循環運用。 第二項不動產開發涉及…
國營鐵路因業務需要，得由交通部報請行政院核准，依法發行公債或借用外資。
國營鐵路運價率之計算公式，由交通部擬訂，報請行政院送請立法院審定之；變更時亦同。 國營鐵路之運價，按前項公式計算，由交通部報請行政院核定實施；變更時亦同。 國營鐵路如環境或情形特殊者，得規定較低運價；在工程時期之臨時營業，得規定臨時運價，均由交通部核定之。
地方營、民營鐵路之興建，應備具左列文書，申請交通部核准，報請行政院備案後，方得籌辦： 一、申請書。 二、建築理由計畫書。 三、路線預測圖及說明。 四、固定資產建設、改良、擴充簡明估計表。 五、損益估計表。 六、資本總額及籌募計畫書。
地方營、民營鐵路之興建，經核准備案後，應依所定期限，將左列文書，送請交通部立案，發給執照，方得施工。未依核定期限申請立案者，應由交通部廢止其籌辦，並報請行政院備案： 一、路線實測平、剖面圖及說明。 二、各項工程與機車車輛圖式及說明。 三、全部工程分段實施計畫。 四、資本總額、已收款數及餘款續收期限。 五、管理組織系統；民營者應附具公司章程、股東名簿及董、監事、經理人名冊。
專用鐵路之興建，應備具左列文書，申請交通部核准立案，發給執照，並轉報行政院備案： 一、申請書。 二、建築理由書及該事業主管機關之同意書。 三、路線實測圖及說明。 四、固定資產建設、改良、擴充估計表。 五、路用資本總額及其憑證。
鐵路軍事運輸依照鐵路規定計算運費，其實際收費標準，由行政院核定之。
為應鐵路軍事運輸需要，必須增置專供鐵路軍事運輸使用之特種設備暨所需費用，由國防部、交通部會同擬訂計劃，呈請行政院核定辦理。