行政法人之監督機關為中央各目的事業主管機關，並應於行政法人之個別組織法律或通用性法律定之。
行政法人應擬訂人事管理、會計制度、內部控制、稽核作業及其他規章，提經董（理）事會通過後，報請監督機關備查。 行政法人就其執行之公共事務，在不牴觸有關法律或法規命令之範圍內，得訂定規章，並提經董（理）事會通過後，報請監督機關備查。
行政法人應設董（理）事會。但得視其組織規模或任務特性之需要，不設董（理）事會，置首長一人。 行政法人設董（理）事會者，置董（理）事，由監督機關聘任；解聘時，亦同；其中專任者不得逾其總人數三分之一。 …
…礙致不能執行職務。 董（理）事、監事有前項情形之一或無故連續不出席董（理）事會議、監事會議達三次者，應予解聘。 董（理）事、監事有下列各款情事之一者，得予解聘： 一、行為不檢或品行不端，致影響行政法人形象，有確實證據。 二、工作執行不力或怠忽職責，有具體事實或違反聘約情節重大。 三、當屆之行政法人年度績效評鑑連續二年未達監督機關所定標準。 四、違反公務人員行政中立法之情事，有確實證據。…
行政法人之董（理）事、監事或其關係人，不得與其所屬行政法人為買賣、租賃、承攬等交易行為。但有正當理由，經董（理）事會特別決議者，不在此限。 違反前項規定致所屬行政法人受有損害者，行為人應對其負損害賠償責任。 第一項但書情形，行政法人應將該董（理）事會特別決議內容，於會後二十日內主動公開之，並報監督機關備查。
行政法人設董（理）事會者，置董（理）事長一人，由監督機關聘任或提請行政院院長聘任；解聘時，亦同。 董（理）事長之聘任，應由監督機關訂定作業辦法遴聘之。 董（理）事長對內綜理行政法人一切事務，對外代表…
行政法人置首長者，應為專任，由監督機關聘任或提請行政院院長聘任；解聘時，亦同。 第六條、第七條、第九條第二項、第三項、第六項、第十五條第五款及第六款有關董（理）事之規定，於前項所置首長準用之。 行政法人置首長者，依第四條、第十八條第二項及第十九條第一項所訂定之規章、年度營運（業務）計畫與預算、年度執行成果及決算報告書，應報請監督機關核定。
…果及決算報告書之核定或備查。 三、財產及財務狀況之檢查。 四、營運（業務）績效之評鑑。 五、董（理）事、監事之聘任及解聘。 六、董（理）事、監事於執行業務違反法令時，得為必要之處分。 七、行政法人有違反憲法、法律、法規命令時，予以撤銷、變更、廢止、限期改善、停止執行或其他處分。 八、自有不動產處分或其設定負擔之核可。 九、其他依法律所為之監督。
監督機關應邀集有關機關代表、學者專家及社會公正人士，辦理行政法人之績效評鑑。 行政法人績效評鑑之方式、程序及其他相關事項之辦法，由監督機關定之。
績效評鑑之內容如下： 一、行政法人年度執行成果之考核。 二、行政法人營運（業務）績效及目標達成率之評量。 三、行政法人年度自籌款比率達成率。 四、行政法人經費核撥之建議。
行政法人應訂定發展目標及計畫，報請監督機關核定。 行政法人應訂定年度營運（業務）計畫及其預算，提經董（理）事會通過後，報請監督機關備查。
行政法人於會計年度終了一定時間內，應將年度執行成果及決算報告書，委託會計師查核簽證，提經董（理）事會審議，並經監事或監事會通過後，報請監督機關備查，並送審計機關。 前項決算報告，審計機關得審計之；審計結果，得送監督機關或其他相關機關為必要之處理。
行政法人進用之人員，依其人事管理規章辦理，不具公務人員身分，其權利義務關係，應於契約中明定。 董（理）事、監事之配偶及其三親等以內血親、姻親，不得擔任行政法人總務、會計及人事職務。 董（理）事長或首長，不得進用其配偶及三親等以內血親、姻親，擔任行政法人職務。
行政法人由政府機關或機構（以下簡稱原機關（構））改制成立者，原機關（構）現有編制內依公務人員相關任用法律任用、派用公務人員於機關（構）改制之日隨同移轉行政法人繼續任用者（以下簡稱繼續任用人員），仍具公務…
原機關（構）公務人員不願隨同移轉行政法人者，由主管機關協助安置；或於機關（構）改制之日，依其適用之公務人員退休、資遣法令辦理退休、資遣，並一次加發七個月之俸給總額慰助金。但已達屆齡退休之人員，依其提前退休之月數發給之。 前項人員於退…
原機關（構）現有依聘用人員聘用條例及行政院暨所屬機關約僱人員僱用辦法聘用及約僱之人員（以下簡稱原機關（構）聘僱人員），其聘僱契約尚未期滿且不願隨同移轉行政法人者，於機關（構）改制之日辦理離職，除依各機關學校聘僱人員離職儲金給與辦法規定辦理…
原機關（構）現有依各機關學校團體駐衛警察設置管理辦法進用之駐衛警察（以下簡稱原機關駐衛警察），不願隨同移轉行政法人者，由主管機關協助安置；或於機關（構）改制之日依其適用之退職、資遣法令辦理退職、資遣，並一次加發七個月之月支薪津。但已達屆齡退職之人員，依其提前退職之月數發給之。 前項人員於退職、資遣生效日起…
原機關（構）現有之工友（含技工、駕駛）（以下簡稱原機關（構）工友），不願隨同移轉行政法人者，由主管機關協助安置；或於機關（構）改制之日依其適用之退休、資遣法令辦理退休、資遣，並一次加發七個月之餉給總額慰助金。但已達屆齡退休之人員，依其提前退休之月數發給之。 前項人員於退休、資遣生…
休職、停職（含免職未確定）及留職停薪人員因原機關（構）改制行政法人而隨同移轉者，由原機關（構）列冊交由行政法人繼續執行。留職停薪人員提前申請復職者，應准其復職。 前項人員於依法復職或回職復薪，不願配合移轉者，得準用第二十二條規定，由主管機關協助安置，或辦理退休、資遣，並加發慰助金。
行政法人之個別組織法律或通用性法律規定有關現職員工權益保障事項，不得與第二十一條至第二十五條、第二十七條至前條規定相牴觸。 前項規定，國防部及所屬之聘用及僱用人員不在此限。