本條例除中華民國九十九年十一月五日修正之第二條之一、第二十七條及第二十八條，一百零四年一月二十三日、一百零六年五月二十六日、一百十一年四月十九日修正之條文，自公布日施行；一百零五年五月二十七日修正之條文，自一百零五年七月一日施行；一百零八年十二月十七日修正之第十八條、第二十四條及第三十三條之一之施行日期，由行政院定之外，自公布後六個月施行。
犯本條例之罪而有左列情形之一者，得不起訴或減輕或免除其刑： 一 自首或反正來歸者。 二 於犯罪發覺後，檢舉叛徒或有關叛徒組織，因而破獲者。 前項案件經不起訴或減輕或免除其刑者，得按其情節施以三年以下感化教 育。 感化教育不得延長，認為無繼續執行之必要者，得免除之，其辦法由行政 院定之。
匪諜之財產，得依懲治叛亂條例沒收之。 依前項沒收之財產，由第七條之最高治安機關執行之，並應即造具財產目 錄，呈報行政院。
沒收匪諜之財產，一律解繳國庫。 破獲之匪諜案件，其告密檢舉人及直接承辦出力人員應給獎金，由國庫支 付，其給獎辦法，由行政院定之。 前兩項所定收支，應編列預算。
檢舉人於本條例所定之犯罪未發覺前檢舉，其所檢舉之犯罪，經法院判決有罪者，給與檢舉人檢舉獎金 。其辦法由行政院定之。
依本法於審判中得檢閱卷宗及證物或抄錄、重製或攝影之閱卷規則，由司法院會同行政院定之。
送達文書由司法警察或郵務機構行之。 前項文書為判決、裁定、不起訴或緩起訴處分書者，送達人應作收受證書、記載送達證書所列事項，並簽名交受領人。 拘提前之傳喚，如由郵務機構行送達者，以郵務人員為送達人，且應以掛號郵寄；其實施辦法由司法院會同行政院定之。
應於法定期間內為訴訟行為之人，其住、居所或事務所不在法院所在地者，計算該期間時，應扣除其在途之期間。 前項應扣除之在途期間，由司法行政最高機關定之。
執行拘提、逮捕或解送，得使用戒具。但不得逾必要之程度。 前項情形，應注意被告或犯罪嫌疑人之身體及名譽，避免公然暴露其戒具；認已無繼續使用之必要時，應即解除。 前二項使用戒具之範圍、方式、程序及其他應遵行事項之實施辦法，由行政院會同司法院定之。
訊問被告，應全程連續錄音；必要時，並應全程連續錄影。但有急迫情況且經記明筆錄者，不在此限。 筆錄內所載之被告陳述與錄音或錄影之內容不符者，除有前項但書情形外，其不符之部分，不得作為證據。 第一項錄音、錄影資料之保管方法，分別由司法院、行政院定之。
…審判中許可停止羈押者，得命被告於宣判期日到庭。 違背法院依第一項或第三項所定應遵守之事項者，得逕行拘提。 第一項第四款科技設備監控之實施機關（構）、人員、方式及程序等事項之執行辦法，由司法院會同行政院定之。
以現金繳納保證金具保者，保證金應給付利息，並於依前條第三項規定發還時，實收利息併發還之。其應受發還人所在不明，或因其他事故不能發還者，法院或檢察官應公告之；自公告之日起滿十年，無人聲請發還者，歸屬國庫。 依第一百十八條規定沒入保證金時，實收利息併沒入之。 刑事保證金存管、計息及發還作業辦法，由司法院會同行政院定之。
…第四百十七條、第四百十八條第二項規定，於本條準用之。 對於第一項之裁定，不得聲明不服。 依本章實施調查之方式、所得資料之保存、管理及銷燬、陳報、通知、救濟、監督及其他相關事項之辦法，由司法院會同行政院定之。
…或按指印。 證人係依第一百七十七條第二項以科技設備訊問者，經具結之結文得以電信傳真或其他科技設備傳送予法院或檢察署，再行補送原本。 第一百七十七條第二項證人訊問及前項結文傳送之辦法，由司法院會同行政院定之。
刑法第一百十六條及第一百十八條請求乃論之罪，外國政府之請求，得經外交部長函請司法行政最高長官令知該管檢察官。 第二百三十八條及第二百三十九條之規定，於外國政府之請求準用之。
…職務知悉之事項，不得公開或揭露予執行法定職務必要範圍以外之人員。 偵查中訊問被告或犯罪嫌疑人時，應將訊問之日、時及處所通知辯護人。但情形急迫者，不在此限。 第一項偵查不公開作業辦法，由司法院會同行政院定之。
…。 三、向被害人支付相當數額之財產或非財產上之損害賠償。 四、向公庫支付一定金額，並得由該管檢察署依規定提撥一定比率補助相關公益團體或地方自治團體。 五、向該管檢察署指定之政府機關、政府機構、行政法人、社區或其他符合公益目的之機構或團體提供四十小時以上二百四十小時以下之義務勞務。 六、完成戒癮治療、精神治療、心理治療、心理諮商、心理輔導或其他適當之處遇措施。 七、保護被害人安全之必要命令…
…規定提撥一定比率補助相關公益團體或地方自治團體。 檢察官就前項第二款、第三款事項與被告協商，應得被害人之同意。 第一項之協商期間不得逾三十日。 第一項第四款提撥比率、收支運用及監督管理辦法，由行政院會同司法院另定之。
諭知死刑之判決確定後，檢察官應速將該案卷宗送交司法行政最高機關。
死刑，應經司法行政最高機關令准，於令到三日內執行之。但執行檢察官發見案情確有合於再審或非常上訴之理由者，得於三日內電請司法行政最高機關，再加審核。