各獎學金存款及支用帳目，每年結算乙次，在學年度終了後一個月內編造 收支報告表，提管理委員會會議通過，並予公布，及分別函達原捐助人。
本辦法未盡事宜，由管理委員會根據實際情形擬訂，提報教育部核定。
本基金之用途如左： 一、給付私立學校教職員工退休 (職) 金。 二、給付私立學校教職員工撫卹 (慰) 金。 三、經基金管理委員會核定辦理與創設目的有關之各項業務所需費用。
本基金之收支、保管及運用，由基金管理委員會委託公營金融機構辦理。 前項受託之公營金融機構為辦理本基金之收支作業，得委託其他金融機構 代辦，其委託契約應提基金管理委員會通過後送請本基金主管機關核備。
私立學校教職員工退休、撫卹金，應經管理委員會核定後支付；支用時由 基金管理委員會主任委員、執行長、主辦會計及出納人員簽署之。
本基金及各項收入，除零用金外，均存放於經基金管理委員會指定之金融 機構或購買公債、庫券、公營事業公司債、可轉讓之銀行定期存單、銀行 承兌匯票、銀行或票券金融公司保證發行之商業本票、公營專業銀行發行 之金融債券或國內證券投資信託公司發行之受益憑證及依法核准公開發行 上市之第一類股票、公司債。
受託辦理本基金收支、保管及運用之公營金融事業機構應依規定程序辦理 基金收支業務，並應按期將基金之收支運用概況報請基金管理委員會核備 後公告並送請主管機關備查。
本基金應於每學年度開始前擬編收支預算，學年度結束後編製收支決算， 均提報管理委員會通過，並報經主管機關核備後，分送各校參考。 本基金應訂定會計制度；會計基礎採權責發生制；並應設置必要之帳簿， 經費收支須有合法憑證，以備主管機關隨時派員查核。
學校依本條例第五條第一項規定設校務基金管理委員會（以下簡稱管理委員會），其運作所需工作人員，由學校現有人員派兼為原則，必要時，得進用專業人員若干人。
管理委員會得視任務之需要，分組辦事；其組成方式，由學校定之。 管理委員會委員應有學生代表至少一人。 管理委員會每學期至少召開會議一次，必要時得召開臨時會；開會時，得請相關單位人員列席。
學校依本條例第七條第一項年度總收入置稽核人員或設稽核單位者，管理委員會之成員、學校總務、主計及行政主管相關人員，不得擔任稽核人員。 前項所稱年度總收入，指學校最近年度收支餘絀決算表之業務收入及業務外收入。
管理委員會及稽核人員或稽核單位之設置、運作、績效考核及其他應遵行事項之規定，由學校定之，經校務會議通過後實施。 稽核人員應由校長提經校務會議或其所設相關委員會、專案小組同意後，由學校進用之。 前項經校務會議所設相關委員會或專案小組同意後進用者，應於下次校務會議追認。
學校以自籌收入支應前條第一項第一款至第三款人事費，其合計總數應以最近年度決算自籌收入百分之五十為限；編制內行政人員辦理自籌收入業務有績效之工作酬勞，每月給與總額以不超過其專業加給或學術研究費百分之六十為限，並不限於現金支給。 前條第一項第一款至第三款人事費之支給額度、條件、方式及考核標準，由學校定之，並經管理委員會審議通過後執行。
各項自籌收入應由學校統籌運用。但涉及政府與民間補助或委託辦理之事項，應依其補助計畫或契約辦理。 學校辦理各項自籌收入業務，應合理控制成本，並得衡量使用學校資源情形，就所提列之行政管理費或計畫節餘款訂定一定分配比率，分配至負責辦理該項業務之行政或學術單位運用，並應經管理委員會審議通過。
學校依本條例第十條第四項規定組成之投資管理小組，應隨時注意投資效益，必要時，得修正投資規劃內容，並經管理委員會審議通過後執行。
學校應審酌校務基金自籌能力及校務發展需求，建立有效之管控機制，並依本條例第十三條第二項規定訂定自籌收入收支管理規定，提報管理委員會審議通過後，報教育部（以下簡稱本部）備查。 前項自籌收入收支管理規定，應至少包括收入來源、支給項目、校務基金控管機制及發生缺失或異常之處理方式。
學校校務基金及各項自籌收入之執行，應以有賸餘或維持收支平衡為原則；如實際執行有短絀情形，學校應擬訂開源節流計畫，經管理委員會審議通過後執行。 前項開源節流計畫，應包括提升學校各項自籌收入之具體措施與資本支出及人事費等各項支出之必要性檢討。 稽核人員或稽核單位應將第一項開源節流計畫之執行情形，納入年度稽核計畫，定期追蹤其改善成效，並作成年度稽核報告。
學校應以中長程發展計畫為基礎，擬訂年度財務規劃報告書，並應載明下列事項： 一、教育績效目標。 二、年度工作重點。 三、財務預測。 四、風險評估。 五、預期效益。 六、其他。 前項年度財務規劃報告書應提報管理委員會審議，經校務會議通過後，於前一年度十二月三十一日前報本部備查。 第一項第三款所稱財務預測，指學校預測未來三年資金來源、用途及可用資金變化情形。
學校應就年度財務規劃報告書之教育績效目標達成情形，作成校務基金績效報告書，並載明下列事項： 一、績效目標達成情形（包括投資效益）。 二、財務變化情形。 三、檢討及改進。 四、其他事項。 校務基金績效報告書應提報管理委員會審議，經校務會議通過後，於每年六月三十日前，將前一年度之校務基金績效報告書報本部備查。
國立大學校院校務基金之主管機關為教育部；各校校務基金之管理機關為 各該國立大學校院。 校務基金之收支、保管及運用，設置管理委員會管理，其要點由教育部定 之。