本法自公布日施行。但第四條、第十條第一項、第七十八條、第八十條、第一百零六條至第一百十三條第一項及第一百三十六條之施行日期，由行政院以命令定之；第二十條、第二十二條、第三十七條、第六十三條第二項、第六十四條、第六十七條、第六十八條第二項、第七十五條、第七十六條第一項第三款及第一百二十三條第二項，自中華民國一百十年一月一日施行。
本條例所稱受難者，係指人民因本事件生命、身體、自由或財產遭受公務員或公權力侵害者。 受難者或其家屬應於中華民國八十四年十月七日起七年內，依本條例規定申請給付賠償金。 前項期限屆滿後，若仍有受難者或其家屬因故未及申請賠償金，自本條例中華民國一百零六年十二月二十六日修正之條文公布後，再延長四年。 受難者或其家屬曾依司法程序或臺灣省行政長官公署之行政命令獲取補償、撫卹或救濟者，不得再申請登記。
第一條所定事項，由行政院所設財團法人二二八事件紀念基金會（以下簡稱紀念基金會）辦理。落實歷史教育，由教育部、文化部及原住民族委員會共同辦理之。 前項紀念基金會，由行政院遴聘學者專家、社會公正人士、政府代表及受難者或其家屬代表組成之；受難者或其家屬代表不得少於紀念基金會董事總額三分之一。 申請人不服紀念基金會決定時，得依法提起訴願及行政訴訟。
因二二八事件所致，得受賠償之範圍如下： 一、死亡或失蹤者。 二、受傷或失能者。 三、遭受羈押或徒刑之執行者。 四、財物損失者。 五、健康名譽受損者。 六、其餘未規定事項，授權紀念基金會訂定之。 對於事件中受害之教育文化機構，得申請回復名譽，並得請求協助其復原；其復原辦法由行政院定之。
法院制作決定書後，應將案件送由檢察處報請法務部移送外交部陳請行政院核請總統核定之。 不能依第六條之規定定解交國時，亦應於決定書內敘明呈請總統決定之。
引渡，由行政院指派人員執行之。
保安處分執行處所如下： 一、感化教育及強制工作處所。 二、監護、禁戒及強制治療處所。 前項保安處分執行處所，由法務部設置，必要時法務部得請行政院協調相關中央主管機關設置或委任、委託或委辦其他機關（構）設置或辦理。 保安處分之實施，受法務部之指揮、監督。
感化教育之課程與作業，由法務部會同教育部、內政部定之。 感化教育期滿時，得由所在地教育行政機關檢定其學業程度，並發給證明書。
本法施行之日期及區域，由行政院以命令定之。 本法中華民國一百十年五月三十一日修正之條文，自公布日施行。
指揮證由行政院制定頒行之。
檢察官與司法警察機關關於職務之執行，應密切聯繫；其辦法由行政院定之。
…扶助事項之宣導。 十、其他應注意事項。 受刑人為身心障礙者、不通中華民國語言或有其他理由，致其難以瞭解前項各款所涉內容之意涵者，監獄應提供適當之協助。 與受刑人在監服刑權利義務相關之重要法規、行政規則及函釋等，宜以適當方式公開，使受刑人得以知悉。
…請迴避。 前項申請，由審議小組決議之。不服審議小組之駁回決定者，得於五日內提請監督機關覆決，監督機關除有正當理由外，應於十日內為適當之處置。 申訴人不服監督機關所為覆決決定，僅得於對實體決定提起行政訴訟時一併聲明不服。 審議小組委員有第一項情形不自行迴避，而未經申訴人申請迴避者，應由監獄依職權命其迴避。
…。 六、年、月、日。 前項決定書應送達申訴人及委任代理人，並副知監督機關。 監督機關收受前項決定書後，應詳閱其內容，如認監獄之原處分或管理措施有缺失情事者，應督促其改善。 申訴決定書附記提起行政訴訟期間錯誤時，應由監獄以通知更正之，並自更正通知送達之日起，計算法定期間。 申訴決定書未依第二項第四款規定為附記，或附記錯誤而未依前項規定通知更正，致受刑人遲誤行政訴訟期間者，如自申訴決定書送達…
受刑人因監獄行刑所生之公法爭議，除法律另有規定外，應依本法提起行政訴訟。 受刑人依本法提起申訴而不服其決定者，應向監獄所在地之地方法院行政訴訟庭提起下列各款訴訟： 一、認為監獄處分逾越達成監獄行刑目的所必要之範圍，而不法侵害其憲法所保障之基本權利且非顯屬輕微者…
依第一百十一條規定提起之訴訟，為簡易訴訟程序事件，除本法或其他法律另有規定外，適用行政訴訟法簡易訴訟程序之規定，其裁判費用減徵二分之一。 前項裁判得不經言詞辯論為之，並得引用申訴決定書所記載之事實、證據及理由，對案情重要事項申訴決定書未予論述，或不採受刑人之主張、有利於受刑人之證據，應補充記載其理由。
…。 前項申請，由復審審議小組決議之。 不服復審審議小組之駁回決定者，得於五日內提請法務部覆決，法務部除有正當理由外，應於十日內為適當之處置。 復審人不服法務部所為覆決決定，僅得於對實體決定提起行政訴訟時，一併聲明不服。 復審審議小組委員有第一項情形不自行迴避，而未經復審人申請迴避者，應由法務部依職權命其迴避。
復審審議小組之決定，應自受理復審之次日起二個月內為之。 前項期間，於依第一百二十五條通知補正情形，自補正之次日起算。未為補正者，自補正期間屆滿之次日起算。 復審事件不能於第一項期間內決定者，得予延長，並通知復審人。延長以一次為限，最長不得逾二個月。 受刑人不服復審決定，或提起復審逾二個月不為決定，或延長復審決定期間逾二個月不為決定者，得依本法規定提起行政訴訟。
…決定者，得不記載事實。 四、附記如依本法規定得向法院起訴，其救濟方法、期間及其受理機關。 五、決定機關及其首長。 六、年、月、日。 前項決定書應送達復審人及委任代理人。 復審決定書附記提起行政訴訟期間錯誤時，應由法務部以通知更正之，並自更正通知送達之日起，計算法定期間。 復審決定書未依第一項第四款規定為附記，或附記錯誤而未依前項規定通知更正，致受刑人遲誤行政訴訟期間者，如自復審決定書送…
受刑人對於廢止假釋、不予許可假釋或撤銷假釋之處分不服，經依本法提起復審而不服其決定，或提起復審逾二個月不為決定或延長復審決定期間逾二個月不為決定者，應向監獄所在地或執行保護管束地之地方法院行政訴訟庭提起撤銷訴訟。 前項處分因已執行而無回復原狀可能或已消滅，有即受確認判決之法律上利益者，得提起確認處分違法之訴訟。其認為前項處分無效，有即受確認判決之法律上利益者，得提起確認處分無效之訴訟。…