依本條例處理臺灣地區與大陸地區人民往來有關之事務，不適用行政程序法之規定。
本條例施行細則，由行政院定之。
本條例施行日期，由行政院定之。
本條例所稱主管機關為行政院大陸委員會。
行政院得於香港或澳門設立或指定機構或委託民間團體，處理臺灣地區與香港或澳門往來有關事務。 主管機關應定期向立法院提出前項機構或民間團體之會務報告。 第一項受託民間團體之組織與監督，以法律定之。
行政院得許可香港或澳門政府或其授權之民間團體在臺灣地區設立機構並派駐代表，處理臺灣地區與香港或澳門之交流事務。 前項機構之人員，須為香港或澳門居民。
在香港或澳門製作之文書，行政院得授權第六條所規定之機構或民間團體辦理驗證。 前項文書之實質內容有爭議時，由有關機關或法院認定。
香港或澳門居民，經許可得進入臺灣地區。 前項許可辦法，由內政部擬訂，報請行政院核定後發布之。
香港或澳門居民得申請在臺灣地區居留或定居；其辦法由內政部擬訂，報請行政院核定後發布之。 每年核准居留或定居，必要時得酌定配額。
香港或澳門居民受聘僱在臺灣地區工作，準用就業服務法第五章至第七章有關外國人聘僱、管理及處罰之規定。 第四條第三項之香港或澳門居民受聘僱在臺灣地區工作，得予特別規定；其辦法由勞動部會同有關機關擬訂，報請行政院核定後發布之。
駐香港或澳門機構在當地聘僱之人員，受聘僱達相當期間者，其入境、居留、就業之規定，均比照臺灣地區人民辦理；其父母、配偶、未成年子女與配偶之父母隨同申請來臺時，亦同。 前項機構、聘僱人員及聘僱期間之認定辦法，由主管機關擬訂，報請行政院核定後發布之。
香港或澳門居民來臺灣地區就學，其辦法由教育部擬訂，報請行政院核定後發布之。
香港或澳門學歷之檢覈及採認辦法，由教育部擬訂，報請行政院核定後發布之。 前項學歷，於英國及葡萄牙分別結束其治理前取得者，按本條例施行前之有關規定辦理。
香港或澳門出版品、電影片、錄影節目及廣播電視節目經許可者，得進入臺灣地區或在臺灣地區發行、製作、播映；其辦法由文化部擬訂，報請行政院核定後發布之。
臺灣地區海運、空運事業在香港或澳門取得之運輸收入或所得，及香港或澳門海運、空運事業在臺灣地區取得之運輸收入或所得，得於互惠原則下，相互減免應納之營業稅及所得稅。 前項減免稅捐之範圍、方法、適用程序及其他相關事項之辦法，由財政部依臺灣地區與香港或澳門協議事項擬訂，報請行政院核定。
臺灣地區人民、法人、團體或其他機構在香港或澳門從事投資或技術合作，應向經濟部或有關機關申請許可或備查；其辦法由經濟部會同有關機關擬訂，報請行政院核定後發布之。
臺灣地區金融保險機構，經許可者，得在香港或澳門設立分支機構或子公司；其辦法由財政部擬訂，報請行政院核定後發布之。
香港或澳門資金之進出臺灣地區，於維持金融市場或外匯市場穩定之必要時，得訂定辦法管理、限制或禁止之；其辦法由中央銀行會同其他有關機關擬訂，報請行政院核定後發布之。
本條例施行後，香港或澳門情況發生變化，致本條例之施行有危害臺灣地區安全之虞時，行政院得報請總統依憲法增修條文第二條第四項之規定，停止本條例一部或全部之適用，並應即將其決定附具理由於十日內送請立法院追認，如立法院二分之一不同意或不為審議時，該決定立即失效。恢復一部或全部適用時，亦同。 本條例停止適用之部分，如未另定法律規範，與香港或澳門之關係，適用臺灣地區與大陸地區人民關係條例相關規定。
本條例施行細則，由行政院定之。