本條例自公布日施行，適用期間為三年。 本條例施行期滿未及執行部分，必要時，得經行政院核定酌予延長，延長 期間最多以二年為限。
行政院為審議、協調本法相關事務，必要時應召開跨部會首長會議。
客家委員會應考量全國客家事務及區域發展，並廣納全國客家會議之意見，每四年擬訂國家客家發展計畫，經行政院核定，作為各級政府客家相關施政之依據。 客家委員會應定期召開全國客家會議，研議、協調及推展全國性客家事務。另每三年針對國家客家政策及相關法規進行整體檢討並向行政院提出修正建議報告。
行政院組織法修正後，為辦理行政院及所屬各級行政機關（以下簡稱原機關）之功能業務與組織調整、財產接管、預決算處理、員額移撥及權益保障等事項，特制定本條例。
原機關應依中央行政機關組織基準法、行政院組織法修正條文及業務職掌檢討，予以精簡、整併、改隸、改制、裁撤或業務調整移撥其他機關。 依前項規定設立之各部、委員會及所屬各級行政機關（以下簡稱新機關）之組織法規，未修正或制…
原機關依前條第一項規定予以精簡、整併、改隸、改制或業務調整移撥其他機關，其管轄權已依組織法規或前條第二項及第四項所定暫行組織規程加以變更，相關之業務法規未及配合修正時，由行政院逕行公告變更管轄之事項；其屬原機關精簡者，行政院於必要時並得以命令停止其精簡部分業務之辦理。 原機關依前條第一項規定予以裁撤，相關業務法規未及配合修正時，該機關所掌理之事項，由行政院以命令停止其全部或一部之辦理。
…改隸後之機關繼續執行原預算。 三、機關部分或全部業務職掌經調整移撥者，由新機關繼續執行該業務之原預算。 四、前三款情形，有同時兼具者，得併同處理。 各機關依前項規定執行預算，仍無法因應時，報經行政院核准，得在各該年度中央政府總預算相關預算項下調整支應，不受預算法第六十二條及第六十三條規定之限制，必要時，由行政院或地方政府依預算法相關規定辦理追加、追減預算。 各機關依組織調整，變更其原主管之…
各機關依組織調整所需之人員處理等相關費用，得由原機關、原基金或其上級主管機關在原預算範圍內調整支應，必要時，由行政院依預算法相關規定辦理追加預算。
原機關依第二條第一項精簡、整併、改隸、改制、裁撤或業務調整移撥其他機關者，其下列人員適用本條例有關權益保障之規定： 一、依法任用、派用之公務人員（以下簡稱公務人員）。 二、依聘用人員聘用條例及行政院暨所屬機關約僱人員僱用辦法進用之聘用及約僱人員（以下簡稱聘僱人員）。 三、依各機關學校團體駐衛警察設置管理辦法設置之駐衛警察。 四、依廢止前事務管理規則及工友管理要點進用之工友（含技工、駕駛）…
…當官等、職等職務可資改派時，得以同一官等較低職等職務或低一官等職務辦理派職，並仍以原官等、職等任用。 第一項人員原依交通事業人員任用條例第八條第一項規定轉任者，仍適用原轉任規定。但再改任其他非交通行政機關職務時，仍應依交通事業人員任用條例第八條第二項規定辦理。 原屬中央機關改隸或業務調整移撥地方政府，應辦理現職人員及經費移撥；其有關人員及經費移撥辦法，由行政院會同考試院定之。 前三項人員職系…
公務人員配合行政院組織調整須精簡者，且符合下列情形之一者，得於組織業務調整生效日前七個月內，經服務機關同意後辦理自願退休，不受公務人員退休法第四條第一項第二款規定之限制： 一、任職滿二十年以上。 二、任職滿十年…
聘僱人員配合行政院組織調整須精簡，而連續服務滿一年，經服務機關同意，於契約期滿前離職，且離職生效日係於第十一條第一項所定優惠退離期間內者，除依各機關學校聘僱人員離職儲金給與辦法規定辦理外，並一次加發七個月之月支報酬…
各機關依各機關學校團體駐衛警察設置管理辦法進用之駐衛警察配合行政院組織調整須精簡，且符合第十一條第一項第一款或第二款條件，並經服務機關同意者，得辦理自願退職。 前項人員於第十一條第一項所定優惠退離期間不符退職條件者，得辦理資遣。 第一項人員之退職金、前項人員…
各機關依廢止前事務管理規則及工友管理要點進用之工友（含技工、駕駛）配合行政院組織調整須精簡，且符合第十一條第一項第一款或第二款條件，並經服務機關同意者，得辦理自願退休。 前項人員於第十一條第一項所定優惠退離期間不符合退休條件者，得辦理資遣。 第一項人員之退休金、前項人…
休職、停職（含免職未確定）及留職停薪人員因行政院組織調整而隨同移撥者，由原服務機關列冊交由新職機關繼續執行。留職停薪人員提前申請復職者，應准其復職。依法復職或回職復薪人員，不願配合行政院組織調整移撥者，得依本條例規定辦理退休、資遣。 前項人員於組織業務調整生效日以後復職或回職復薪者，依第九條、第十條規定辦理。
本條例施行期間，下列事項得由行政院會同考試院另定處理辦法，不受現行法令之限制： 一、住宅輔購（建）貸款事項。 二、員工合法續（借）住宿舍事項。 三、公務人員訓練進修事項。 四、公保已投保年資損失之補償作業事項。 五、退休及撫卹給與之支給機關事項。 六、退休人員及公務人員遺族照護之權責機關事項。 七、其他有關權益保障事項。
原行政院海岸巡防署所屬軍職人員及各機關依組織法規聘任之人員，得準用本條例有關權益保障之規定；其辦法，由行政院定之。
本條例於行政院以外之中央政府機關準用之。
本條例除第六條、第七條、第十一條至第十九條施行日期，由行政院以命令定之外，自中華民國一百零一年一月一日施行。
中央主管機關應擬訂文化創意產業發展政策，並每四年檢討修正，報請行政院核定，作為推動文化創意產業發展之政策依據。 中央主管機關應會同中央目的事業主管機關建立文化創意產業統計，並每年出版文化創意產業年報。