高等行政法院得視事務之繁簡，就高等行政訴訟庭及地方行政訴訟庭分設各庭，每庭各置庭長一人，法官若干人。 前項庭數之設置，應報司法院核備。
各庭庭長相互間行政事務之劃分與處理，由院長決定之。
庭長有事故不能執行職務時，行政事務之代理依代理次序表。
行政訴訟事件，應依高等行政法院行政訴訟事件編號計數分案報結實施要點規定，分別分配高等行政訴訟庭、地方行政訴訟庭各法官辦理。
高等行政法院得指定庭長、法官專責辦理下列事項，並酌予減分或停分事件： 一、確定事件之審查事項。 二、人民陳訴事件之處理事項。 三、法令疑義之研擬事項。 四、規劃、推動司法業務革新事項。
高等行政訴訟庭、地方行政訴訟庭於必要時得設專庭。 依法令應由高等行政訴訟庭、地方行政訴訟庭處理之專業事件，得指定專人或專庭處理之。但事務較簡者，得指定人員兼辦之。
專業法庭得置庭長，綜理全庭行政事務，並視事務繁簡配置法官、書記官及其他必要人員。
高等行政法院設司法事務官室，置司法事務官；司法事務官在二人以上者，置主任司法事務官。 司法事務官之事務分配，由主任司法事務官報請院長決定之。
司法事務官應受院長之行政監督。
司法事務官辦理之案件，其編號、計數、分案、報結，應依高等行政法院行政訴訟事件編號計數分案報結實施要點規定辦理。
高等行政法院設書記處，置書記官長一人，承院長之命，處理該院一般行政事務，並指揮監督所屬書記官、法官助理及其他人員。
書記官長之職責如下： 一、承院長之命處理行政事務。 二、院長交辦事項及機要文件之辦理。 三、所屬各科職員之指揮監督及工作調整之擬議。 四、重要會議之籌劃進行。 五、建議院長有關業務改進及注意事項。 六、重要行政文件之審核。 七、尋常行政文件之簽發。 八、書記處重要文件之判行。 九、新聞之發布及其他公共關係之聯繫事項。 十、各科室就其主管事務爭議事項歸屬之指定。
書記官長為討論書記處行政事務，得召集所屬職員會議，由書記官長任主席，但不採表決制。
書記處設下列科，承長官之命，辦理各該科主管事務。 一、紀錄科，或視業務需要，各設高等行政訴訟紀錄科、地方行政訴訟紀錄科；其設有專業法庭者，得各設專業法庭紀錄科。各紀錄科視業務需要，並得分設一科至三科。 二、文書科。 三、研究發展考核科。 四、總務科。 五、訴訟輔導科。 …
紀錄科或高等行政訴訟紀錄科、地方行政訴訟紀錄科職掌如下： 一、事件之編號及分配事項。 二、訴訟卷證之點收整理及編訂事項。 三、案卷及文件之點收登記事項。 四、裁判參考資料之整理編目事項。 五、筆…
紀錄科或高等行政訴訟紀錄科、地方行政訴訟紀錄科應用簿冊、表單，其格式得由司法院統一規定之。
…項。 十、其他事務或長官交辦事項。 訴訟事件程序初步審查應辦事項另訂之。 審查科就訴訟事件程序上應辦事項，並受辦理分案及審查之庭長指揮監督。 未設審查科者，第一項之職掌由紀錄科或高等行政訴訟紀錄科、地方行政訴訟紀錄科掌理之。
文書科之職掌如下： 一、印信之典守事項。 二、文件之收發、分配、譯電、繕印及校對事項。 三、行政文件之撰擬、呈轉及傳覽事項。 四、工作計畫及各項報告之彙編事項。 五、法令之編輯、摘錄、分送、傳觀、通告、分類登記及保管事項。 六、各項會議及集會之籌劃及紀錄事項。 七、有關行政法令之研擬、…
設有資料科者，其職掌如下： 一、文件之編檔保存、圖書報刊及裁判書之徵集閱覽及管理事項。 二、法令、規章、大法官解釋、判例、判解、最高行政法院、高等行政法院院長、庭長、法官聯席會議決議等之蒐集與管理事項。 三、定期出刊公報、裁判書全文及其他書籍等之編輯發行事項。 四、卷宗之編號歸檔及保管事項。 未設資料科者，前項之職掌由文書科掌理之。
訴訟卷宗之調取應經法官簽章，行政卷宗之調取應經單位主管以上人員簽章。