綜合行政組掌理事項如下： 一、本局業務方針、施政計畫及作業手冊之彙編。 二、研究發展工作之規劃、研析、推動及管考。 三、重要業務之協調及聯繫。 四、稽徵業務考核及公文檢核作業。 五、各稅審查案件之覆核。 六、納稅服務業務之規劃、執行、督導及管制。 七、國稅稅政法令宣導之規劃、執行、督導及管制。 八、媒體公關事務之政策規劃、研擬、執行及管制。 九、其他有關綜合規劃及服務管理事項。
…及管制。 二、國稅欠稅清理、稅捐保全、欠稅移送執行等業務之規劃、執行、督導及管制。 三、稅務應用系統維運及支援系統整體規劃。 四、本局與所屬機關資訊應用服務策略之規劃及協調推動。 五、稅務及行政資訊服務平台之維運管理。 六、本局與所屬機關資訊應用環境之規劃及管理。 七、本局與所屬機關資訊資通安全之規劃及推動。 八、各項課稅資料之登錄、整理、通報運用及保管。 九、其他有關徵收及稅務資…
各分局秘書權責如下： 一、工作計畫之擬編。 二、文稿之綜核及代判。 三、各單位業務之協調。 四、行政事務之管理。 五、會議之籌備、出席或主持。 六、其他交辦事項。
… 六、統一發票稽查。 七、營業稅多功能櫃檯作業（受理營業人簡易案件之申請）。 八、營業稅、貨物稅、菸酒稅、特種貨物及勞務稅之資料蒐集整理、移送登錄及保管。 九、其他有關銷售稅事項。 分局依行政區域設銷售稅一課及銷售稅二課者，分別掌理轄區內之前項業務。 分局設工商稅課者，掌理第一項及第六條業務。
關務資訊組掌理事項如下： 一、本署及所屬機關資訊應用服務策略之規劃、協調推動。 二、海空運進口與出口通關應用系統之規劃、設計及管理。 三、關務行政應用系統之規劃、設計及管理。 四、本署及所屬機關資訊應用環境之規劃、管理。 五、資訊預算之編列與管理、資訊推廣服務及教育訓練。 六、本署及所屬機關資訊資通安全之規劃、推動。 七、其他有關關務資訊事項。
高級中等教育組掌理事項如下： 一、直轄市、縣（市）政府辦理高級中等教育之督導及協調。 二、高級中等教育制度之政策規劃及相關法規之研修。 三、所轄高級中等學校行政之管理及督導。 四、高級中等學校校園環境設施、教學設備之規範及督導。 五、高級中等學校課程、教學、研究、實驗之規劃、推動及督導。 六、高級中等學校學生實習之規劃、推動及督導。 七、高級中等學…
…群教育、特殊教育課程、教學、研究與實驗之規劃、推動及督導。 五、高級中等以下學校原住民族與少數族群教育、特殊教育學生就學扶助、補助、獎助之規劃、推動及督導。 六、所轄高級中等以下學校特殊教育學校行政之管理及督導。 七、高級中等以下學校特殊教育學生就學鑑定、安置與輔導之規劃、推動及督導。 八、高級中等以下學校無障礙校園環境、特殊教育教學設備、教育輔助器材與支持服務系統建置之規劃、推動及督導。…
主任秘書權責如下： 一、工作計畫之擬編。 二、文稿之綜核及代判。 三、各單位業務之協調。 四、行政事務之管理。 五、會議之籌備、出席或主持。 六、其他交辦事項。
業務一組掌理事項如下： 一、進口、轉運、轉口及郵遞貨物之通關。 二、進口稅則預先審核及疑義案件之處理。 三、進口貨物保稅、補稅、免稅、押款、退款、按月彙繳、分期繳納關稅、暫准通關案件及艙單之處理。 四、貨物稅完（免）稅照之處理。 五、進口貨物退運、調換、聲明放棄之處理。 六、進出口貨物查驗、化驗、鑑定及貨樣管理。 七、違章及行政救濟案件之處理。 八、其他有關進口貨物通關事項。
業務二組掌理事項如下： 一、出口貨物通關（不含驗貨）。 二、進出口報單審核、副本核發及報單管理。 三、出口貨物退關、註銷及轉船之處理。 四、報關、承攬、倉儲、免稅商店、離島免稅購物商店、保稅運貨工具等業者之設立登記及管理。 五、優質企業之認證、驗證及管理。 六、運輸業登記、管理及自備封條申請案件之處理。 七、違章及行政救濟案件之處理。 八、其他有關出口貨物通關事項。
稽查組掌理事項如下： 一、進口、出口、轉運及轉口貨櫃（物）之抽核及儀器檢查。 二、入出境旅客、船員行李之檢查及通關。 三、緝毒犬隊執勤（搜索、偵測）及管理。 四、轄區內水域巡緝。 五、押運業務。 六、緝私船舶、車輛及貨櫃檢查儀等查緝設備之管理及維護。 七、違章及行政救濟案件之處理。 八、其他有關稽查事項。
倉棧組掌理事項如下： 一、進口、出口、轉運及轉口貨櫃（物）之監理。 二、貨棧、貨櫃集散站及保稅倉庫之監管。 三、貨棧、貨櫃集散站免驗貨櫃（物）之抽核。 四、自由貿易港區業務。 五、入出境運輸工具之通關及管理。 六、入境船員行李之檢查及通關。 七、轄區內碼頭巡緝及倉庫之監管。 八、違章及行政救濟案件之處理。 九、其他有關倉儲事項。
機動稽核組掌理事項如下： 一、進口、出口、轉運、轉口貨櫃（物）之抽核及複驗。 二、入出境旅客、船員行李、郵遞貨物之抽核及複驗。 三、情資蒐集、分析及市面查緝。 四、貨棧、貨櫃集散站、私貨倉庫、免稅商店及保稅相關處所貨物之抽核。 五、進口貨物國內外價格資料之蒐集、調查及建置。 六、事後稽核案件之處理。 七、違章及行政救濟案件之處理。 八、其他有關機動查緝、稽核及價格調查事項。
…復查案件之佐理作業。 四、檢舉、密報案件之登錄及通報。 五、國家賠償案件之處理。 六、徵補稅費與處罰鍰案件之保全、催繳、強制執行及限制出境之通報。 七、軍警與其他機關移送案件緝私報告之撰寫及行政救濟案件之答辯。 八、私貨與逾期不退運貨物之查核估價、標售、銷毀及倉庫管理。 九、緝案獎金之核算、分配及核發。 十、其他有關法務緝案事項。
…保稅、補稅、免稅、押款、退款、按月彙繳、暫准通關、艙單之處理及貨樣管理。 五、出口貨物退關、註銷及轉船之處理。 六、貨棧、貨櫃集散站及倉庫之監管；押運及免驗進出口貨櫃（物）之抽核。 七、違章及行政救濟案件之處理。 八、其他有關轄區關務事項。
…船之處理。 六、貨棧、貨櫃集散站及倉庫之監管；押運及免驗進出口貨櫃（物）之抽核。 七、貨櫃儀檢、碼頭巡緝、船舶監理、行李檢查及自由貿易港區業務。 八、入出境運輸工具之通關及管理。 九、違章及行政救濟案件之處理。 十、海運快遞貨物之通關及管理。 十一、其他有關轄區關務事項。
…緝及押運。 五、入出境旅客、船員行李之檢查及通關。 六、入出境運輸工具之通關及管理。 七、小三通貨物進出口通關之處理、免稅商店及離島免稅購物商店之監管。 八、自由貿易港區業務。 九、違章及行政救濟案件之處理。 十、海運快遞貨物之通關及管理。 十一、其他有關轄區關務事項。
主任秘書權責如下： 一、工作計畫之擬編。 二、文稿之綜核及代判。 三、各單位業務之協調。 四、行政事務之管理。 五、會議之籌備、出席或主持。 六、其他交辦事項。
…通關案件之處理。 四、進出口貨物報單審核、副本核發及貨物稅完（免）稅照之處理。 五、進出口貨物艙單之處理及報單、貨樣之管理。 六、逾期不報關、不繳稅、不退運及聲明放棄貨物之處理。 七、違章及行政救濟案件之處理。 八、推廣貿易服務費代徵作業。 九、其他有關進出口貨物通關事項。
…登記之處理。 五、保稅工廠、保稅倉庫、物流中心、免稅商店、自由貿易港區與科學園區事業之監管、貨物查核及帳冊管理。 六、優質企業之認證、驗證及管理。 七、侵害智慧財產權案件之處理。 八、違章及行政救濟案件之處理。 九、其他有關保稅及新竹科學園區通關事項。