本法修正施行後，原國民大會秘書處業務，自民國九十二年五月二十日起，由立法院承受之。其人員應於民國九十二年五月二十日前，由行政院會同立法院安置之。
中央研究院置秘書長一人，職務列簡任第十三職等至第十四職等，承院長之命，綜合處理本院行政工作；副秘書長一人，職務列簡任第十三職等，承院長之命，襄助秘書長處理本院行政工作。 秘書長、副秘書長及處理行政工作之一級單位主管，除人事、政風及主計單位主管外，均得由研究員或研究技師兼任。
中央研究院於民國七十九年一月二十六日前，已遴用之現任行政、技術人員，除已取得任用資格者外，得繼續任原職至其離職為止。
本條例自公布日施行。 本條例修正條文施行日期，由總統府會同行政院以命令定之。
… 一、副總統。 二、行政院院長、副院長、內政部部長、外交部部長、國防部部長、財政部部長、經濟部部長、行政院大陸委員會主任委員、參謀總長。 三、國家安全會議秘書長、國家安全局局長。 …
前條所列之研究員、副研究員、助理研究員及研究助理，必要時，得依聘用人員聘用條例之規定聘用之。但其聘用員額不得逾上列職稱編制員額三分之二。 前項聘用人員，其聘用規定，除依聘用人員聘用條例及其相關規定外，由國家安全會議擬訂，報請行政院核定。
本局之預算應寄列於政府其他機關，並受立法院審查。 前項列為機密預算部分，其編列、執行及決算審查，由有關機關以機密方式處理之。 為維護國家安全之需要，有緊急調度資金之必要時，本局得經國家安全會議決議、行政院同意後，動用行政院預備金。 前項情事，本局應於一個月內向立法院詳細報告緊急調度預備金之原因及用途。立法院不同意時，應立即歸墊並為必要之處置。
本條例施行日期，由總統府會同行政院以命令定之。
行政院行使憲法所賦予之職權。
行政院設下列各部： 一、內政部。 二、外交部。 三、國防部。 四、財政部。 五、教育部。 六、法務部。 七、經濟部。 八、交通部。 九、勞動部。 十、農業部。 十一、衛生福利部。 十二、環境部。 十三、文化部。 十四、數位發展部。 十五、運動部。
行政院設下列各委員會： 一、國家發展委員會。 二、國家科學及技術委員會。 三、大陸委員會。 四、金融監督管理委員會。 五、海洋委員會。 六、僑務委員會。 七、國軍退除役官兵輔導委員會。 八、原住民族委員會。 九、客家委員會。
行政院置政務委員七人至九人，特任。 政務委員得兼任前條委員會之主任委員。
行政院設行政院主計總處及行政院人事行政總處。
行政院設中央銀行。
行政院設國立故宮博物院。
行政院設下列相當中央二級獨立機關： 一、中央選舉委員會。 二、公平交易委員會。 三、國家通訊傳播委員會。
行政院院長綜理院務，並指揮監督所屬機關及人員。 行政院院長因事故不能視事時，由副院長代理其職務。
行政院院長得邀請或指定有關人員列席行政院會議。
行政院置秘書長一人，特任，綜合處理本院幕僚事務；副秘書長二人，其中一人職務比照簡任第十四職等，襄助秘書長處理本院幕僚事務。 行政院置發言人一人，特任，處理新聞發布及聯繫事項，得由政務職務人員兼任之。
行政院各職稱之官等職等及員額，另以編制表定之。